Under spelets gång kommer Zero att få utföra ett visst antal uppdrag innan han kan konfrontera Neo Arcadias ledare. I slutet av varje uppdrag väntar en boss som han måste besegra för att lyckas slutföra uppdraget. Efter varje uppdrag kommer Zero att få en bedömning på hur pass bra han klarat det hela. Se Tips & Tricks för mer information om det. Under uppdragens gång kan han även samla på sig Cyber-Elves och träna upp sina vapen.

Du kan själv bestämma i vilken ordning du vill ta uppdragen, så ordningen nedan är inte på något sätt obligatorisk. Däremot rekomenderas nedanstående ordning om du vill använda rätt Elemental Chip på rätt boss etc.

• 1. Intro Stage
• 2. Disposal Center
• 3. Destroy Train
• 4. Retrieve Data
• 5. Occupy Factory
• 6. Find Shuttle
• 7. Defend the Base
• 8. Find Hidden Base
• 9. Rescue Colbor
• 10. Duel in Desert
• 11. Protect Factory
• 12. Stop the Hacking
• 13. Defend the Base (2)
• 14. Neo Arcadia Shrine
• 15. Neo Arcadia Tower
• 16. Neo Arcadia Core