X kommer inte vara en spelbar karaktär från början. För att låsa upp honom ska du rädda 64 vilsna Reploids eller besegra de åtta Mavericks. När du låst upp X kommer du kunna spela som vanliga X, Zero, Axl eller X med Glide Armor.

X och Axl kommer kunna använda Auto Lock-On vilket innebär att en liten gul cirkel markerar fienden så att de automatiskt siktar in sig på fienden. Om det finns flera fiender i närheten kan du skifta fiende genom att trycka på L2 och R2 knapparna.

Det finns tre slut i spelet, ett för X, ett för Zero och ett för Axl. Om du klarar av spelet kommer du kunna fortsätta på samma fil igen, men du kommer få börja om hela spelet. Men den här gången har du alla Power-Up Parts som du samlat på dig från förut.

Genom att rädda de vilsna Reploids kan din livsenergi och vapenenergi uppgraderas, och du kan även få chips som du kan använda för att ge dina karaktärer nya förmågor. Om en Reploid skadas av en fiende kommer du ha misslyckats med att rädda den.

Vissa nivåer, eller vissa delar av nivåer kommer spelas i 2D eller 3D.

Inför varje nivå kommer du kunna välja två karaktärer av tre möjliga (när X är spelbar). Tryck på L2 knappen för att byta karaktär när du spelar. Om en av dina karaktärer dör under ett uppdrag kommer den andre också dö. Du kan inte spela som den andre om den förste dör.