När du startar spelet måste du välja vem du vill spela som; X eller Zero. Om du väljer att starta spelet som X kommer du inte kunna använda Z-Buster med Zero under resten av spelet. Men om du väljer att starta spelet som Zero kommer du inte kunna använda Fourth Armor med X under resten av spelet. Du kan sedan välja vem du vill spela som inför varje nivå.

Det finns tre olika slut i spelet. Det första är om Zero blir en Maverick, de andra två beror på vem du besegrar Sigma med i slutet. Zero kommer bli en Maverick om du inte lyckas besegra de åtta Mavericks innan de 16 timmarna tar slut, eller om du misslyckas med Enigma och Shuttle uppdragen.

Om du misslyckas med Enigma uppdraget kommer du skickas till Shuttle uppdraget. Om du lyckas med Enigma uppdraget kommer du skickas direkt till Zero Virus nivåerna, och du slipper möta de övriga fyra bossarna. Ju fler liv du har desto större är chansen att Enigma och Shuttle uppdragen lyckas. Under Enigma och Shuttle uppdragen så kan du välja att avfyra kanonen från pausmenyn. Om du gör detta innan du samlat delarna från bossarna så kommer det misslyckas.

Du kommer kunna hitta Ultimate Armor åt X och Black Armor åt Zero på samma plats i spelet, och det gör spelet mycket lättare att klara av.