Spela som Zero
I det här spelet kan du spela antingen som X eller Zero redan från början. Om du väljer att spela som exempelvis X så kan du inte spela som Zero på samma fil. Då krävs det att du startar en ny fil som Zero. X kommer som vanligt få ett nytt vapen när han besegrar en boss, och kan dessutom hitta nya Armor Upgrades. Zero, å andra sidan, kommer lära sig nya tekniker med sitt svärd men kan däremot inte få några Armor Upgrades.
Två olika slut
Spelet innehåller två olika slut; ett för X och ett för Zero. Varje slut kommer givetvis avslöja en del saker angående dem båda.