Mega Man Star Force
När femteklassaren Geo Stelar får en Visualizer från en vän till hans bortgångne far stöter han på Omega-Xis, en förrymd FM-ian. När de tillsammans går igenom en Electromagnetic Wave Change bildar de en enhet kallad Mega Man, och tillsammans kämpar de mot de invaderande FM-ians som hotar förinta Jorden.
Mega Man Star Force 2
Två månader efter händelserna i det första spelet dyker ett nytt hot upp och vänder sig mot samhället, ett hot relaterat till en forntida civilisation. Genom att hitta kraftfulla artefakter kallade OOPArts och möta den gåtfulle rivalen Rogue blir Geo och Omega-Xis frälsare av freden än en gång.
Mega Man Star Force 3
En enorm meteor kallad Meteor-G, bestående av ljudvågor, är i kollisionskurs med Jorden. För att göra saken än värre har ett brottssyndikat känt som Dealer börjat korrumpera EM-väsen kända som Wizards för att tygla nog med ljuddata (kallat Crimson) för att kontrollera meteoren. Geo och Omega-Xis tar därför värvning vid Satella Police.