Mega Man Star Force utspelar sig 200 år efter händelserna i Mega Man Battle Network i en värld som länkas samman med elektromagnetiska vågor. Handlingen roterar runt en ung pojke vid namn Geo Stelar som sörjer förlusten av sin far i en katastrofal olycka vid en rymdstation. När Geo träffar ett utomjordiskt FM-väsen kallad Omega-Xis bildar de ett band och kan därigenom slå sig samman och skapa en EM Wave människa kallad Mega Man. Kapabel att resa genom både den verkliga och EM-världen bekämpar Mega Man invaderande styrkor från andra planeter medan han söker efter svar bakom hans fars försvinnande.