Battle Network serien utspelar sig i en alternativ tidslinje och har ingenting att göra med exempelvis original eller X-serien. I denna serie roterar världen runt två plan, den verkliga världen där människor interagerar med varandra, och den digitala världen känd som "Nätet" till vilket allting är uppkopplat. På detta nätverk springer det runt digitala program kallade NetNavis, som på mer än ett sätt påminner om människor, som ser till att allt som utgör nätverket och allt som det ankommer fungerar. En NetNavi har alltid en partner i den verkliga världen, och denna duo av man och kod arbetar tillsammans för att upprätthålla ett fridfullt samhälle fritt från vedermödor.

Tyvärr är det dock inget fridfullt samhälle, då styrkor utanför normala omständigheter medför uppkomsten av seriens hjältar; en ung pojke vid namn Lan Hikari och hans NetNavi MegaMan.Exe, en duo som skall komma att få rädda världen och nätverket flera gånger från det onda som önskar orsaka kaos, eller styra världen själva.